Основой обеспечения качества оказываемых АО «АНК» услуг является внедренная в 2006 году и постоянно развивающаяся система менеджмента качества (СМК), разработанная в соответствии с международными стандартами ИСО серии 9000.

СМК АО «АНК» сертифицирована в августе 2010 года Органом по сертификации систем менеджмента качества ВНИИНМАШ (ОССК МАШ) на соответствие требованиям ГОСТ Р ИСО 9001-2008 (ИСО 9001:2008) (Сертификат соответствия № РОСС RU.ИС13.К00274). В 2013 году, а затем в 2016 году Органом по сертификации систем менеджмента качества ООО «Радиофизические тестовые технологии» (ООО «РФТТ») проводилась ресертификация СМК АО «АНК» на соответствие требованиям ГОСТ ISO 9001-2011 (ISO 9001:2008) (Сертификаты соответствия № РОСС RU.ИК76.К00120 и № РОСС RU.ИК76.К00168 соответственно). В 2018 году проведена сертификация СМК АО "АНК" Органом по сертификации систем менеджмента ОССК МАШ ВНИИНМАШ на соответствие требованиям ГОСТ Р ИСО 9001-2015 (ISO 9001:2015) (Сертификат соответствия № RU.MCK.026.008.CM.0730.) В 2019 году проведен инспекционный аудит СМК АО «АНК» Органом по сертификации систем менеджмента ОССК МАШ ФГУП «СТАНДАРТИНФОРМ» c расширением области сертификации СМК (Сертификат соответствия № RU.MCK.026.008.CM.0730). В августе 2021 года Органом по сертификации АНО «НТЦ «АЛЬФА РЕГИСТР» проведена ресертификация СМК АО «АНК» на соответствие требованиям ГОСТ Р ИСО 9001-2015 (ISO 9001:2015), по результатам выдан сертификат соответствия № СДС.АР.13АБ39.00046-21.

Руководство АО «АНК» обеспечивает постоянное функционирование и своевременную актуализацию СМК с целью в первую очередь повышения удовлетворенности Заказчиков, а также достижения выгоды для всех заинтересованных сторон. В АО «АНК» определены Политика и Цели в области качества. Все работники АО «АНК» принимают участие в реализации Политики и достижении Целей в области качества.

Политика АО «АНК» в области качества ориентирована на Заказчиков услуг АО «АНК», строится на основных принципах менеджмента качества, заложенных в основу стандартов ИСО серии 9000, и определяет ответственность руководства за качество оказываемых Заказчикам услуг. СМК АО «АНК» включает в себя все обязательные процедуры в соответствии со стандартом ИСО 9001:2015, а также значительное количество документов (стандарты предприятия, инструкции, ПОК и т.д.), разработанные в рамках поддержания функционирования и постоянного развития СМК АО «АНК». Основополагающий документ СМК АО «АНК» – Руководство по качеству – дает представление о специфике деятельности АО «АНК». Предназначение документации СМК АО «АНК» – передать смысл и последовательность действий персонала АО «АНК», добавляющих ценность для Заказчиков услуг АО «АНК». Деятельность сотрудников АО «АНК» осуществляется в соответствии с требованиями документации АО «АНК». Постоянное улучшение результативности СМК – это основа на пути к организации эффективного управления и результативной деятельности всех структурных подразделений АО «АНК», которая способствует повышению имиджа и укреплению позиций АО «АНК» в условиях рыночных отношений.